Защо не ми се отделят изрязаните  откъси и се загуби синият цвят на първите 2 ?

Преди изрязването изключете бутона Keep as one object, който се намира най-отляво в лентата с характеристики на инструмента Knife.

Понеже при Вас е бил включен, изрязаните части не са се отделили като самостоятелни обекти, а са останали като подпътечки на изходния обект.

Но при включен бутон "Auto-close on cut".