Когато се опитам да преместя цилиндъра,както е показано на примера той ми изчезва в момента,в който задам втората точка на преместването.

1.Причината най-вероятно е във втората точка. А може би и в първата. В примера центърът на отвора е преместен в ръба на солида. За да изчезне този отвор при теб, това означава, че е извън модела изобщо. Пробвай с преместване на ляво - към другите елементи от обединения солид. Ще приложа едно примерно изображение. За по-интересно съм увеличил диаметъра на въпросния отвор /Scale Gizmo и филтъра за лице/, така че като го преместя се "засича" с другия отвор. На пръв поглед се получава общ "къдрав" отвор, но изтрием ли единия, другият си остава в първоначалния вид. Освен включени снапове, най-добре е да се работи с точки за прилепване чрез Shift  + десен бутон и съответния избор. 

2. Моделът за упражнение

3. Увеличен диаметър на отвора

4. Преместен отвор от центъра му до ръба на паралелепипеда.

5. Изтриване на големия отвор